プロジェクトが階層ディレクトリを含んでいる場合は、 階層ごと１つのプロジェクトとして登録され、管理されます。
また、プロジェクトはテキストファイルだけでなく、 バイナリファイルを含むこともできます(特殊な操作が必要)。
module という用語がいわゆるC言語や Perl のモジュール化と混乱しやすい ので、ここでは module を「プロジェクト」と呼び変えています。
この点が他の解説書と異なっているので、注意してください。